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企业公司注册代理费用通常由被代理人，也就是企业主或创业者承担。

具体情况可能会因双方协议或合同有所不同，在某些情况下，如果企业主与代理机构达成了某种协议或合同，双方可以协商确定代理费用的承担方式，最终由谁承担代理费用还需根据具体情况和双方协议来确定。

在选择代理公司时，应选择有信誉、经验丰富的公司，并确保与其签订的合同中明确规定了各项费用和责任，这样可以确保企业的权益得到保护，避免因代理费用问题产生纠纷。

仅供参考，建议咨询专业的律师或代理机构以获得更准确的信息。